Pada suatu malam ada perahu dagang dari Gresik melintasi selat Bali.
Ketika perahu itu berada di tengah-tengah Selat Bali tiba-tiba terjadi
keanehan, perahu itu tidak dapat bergerak, maju tak bisa mundur pun tak
bisa.
Nahkoda memerintahkan awak kapal untuk memeriksa sebab-sebab
kemacetan itu, mungkin perahunya membentur batu karang. Setelah
diperiksa ternyata perahu itu hanya menabrak sebuah peti berukir indah,
seperti peti milik kaum bangsawan yang digunakan untum menyimpan barang
berharga. Nakoda memerintahkan mengambil peti itu. Diatas perahu peti
itu dibuka, semua orang terkejut karena didalamnya terdapat seorang bayi
mungil yang bertubuh montok dan rupawan. Nakoda merasa gembira dapat
menyelamatkan jiwa si bayi mungil itu, tapi juga mengutuk yang tega
membuang bayi itu ke tengah lautan, sungguh orang yang tidak berperi
kemanusiaan.
Nakoda kemudian memerintahkan awak kapal untuk melanjutkan pelayaran
ke Pulau Bali. Tetapi tak dapat bergerak maju. Ketika perahu diputar dan
diarahkan ke Gresik ternyata perahu itu melaju dengan pesatnya.
Di hadapan Nyai Ageng Pinatih janda kaya pemilik kapal Nakoda berkata
sambil membuka peti itu. “Peti inilah yang menyebabkan kami kembali
dalam waktu secepat ini. Kami tak dapat meneruskan pelayaran ke Pulau
Bali,” kata sang nakoda.
“Bayi……? Bayi siapa ini?” gumam Nyai Ageng Pinatih sebari mengangkat bayi itu dari dalam peti.
“Kami menemukannya di tengah samodra Selat Bali,” jawab nakoda kapal.
Bayi itu kemudian mereka serahkan kepada Nyai Ageng Pinatih untuk
diambil sebagai anak angkat. Memang sudah lama ia menginginkan seorang
anak. Karena bayi itu ditemukan di tengah samodra maka Nyai Ageng
Pinatih kemudian memberinya nama Joko Samodra.
Ketika berumur 11 tahun, Nyai Ageng Pinatih mengantarkan Joko Samodra
untuk berguru kepada Raden Rahmat atau Sunan Ampel di Surabaya. Menurut
beberapa sumber mula pertama Joko Samodra setiap hari pergi ke Surabaya
dan sorenya kembali ke Gresik. Sunan Ampel kemudian menyarankan agar
anak itu mondok saja di pesantren Ampeldenta supaya lebih konsentrasi
dalam mempelajari agama Islam.
Pada suatu malam, seperti biasa Raden Rahmat hendak mengambil air
wudhu guna melaksnakan shalat tahajjud, mendo’akan murid-muridnya dan
mendo’akan umat agar selamat di dunia dan akhirat. Sebelum berwudhu
Raden Rahmat menyempatkan diri melihat-lihat para santri yang tidur di
asrama.
Tiba-tiba Raden Rahmat terkejut. Ada sinar terang memancar dari salah
seorang santrinya. Selama beberapa saat beliau tertegun, sinar terang
itu menyilaukan mata, untuk mengetahui siapakah murid yang wajahnya
bersinar itu maka Sunan Ampel memberi ikatan pada sarung murid itu.
Esok harinya, sesudah shalat subuh. Sunan Ampel memanggil murid-muridnya itu.
“Siapa yang waktu bangun tidur kain sarungnya ada ikatan?” tanya Sunan Ampel.
“Saya Kanjeng Sunan……” acung Joko Samodra.
Melihat yang mengacungkan tangan Joko Samodara, Sunan Ampel makin
yakin bahwa anak itu pastilah bukan anak sembarangan. Kebetulan pada
saat itu NyaiAgeng Pinatih datang untuk menengok Joko Samodra.
Kesempatan itu digunakan Sunan Ampel untuk bertanya lebih jauh tentang
asal-usul Joko Samodra.
Nyai Ageng Pinatih menjawab sejujur-jujurnya. Bahwa Joko Samodra di
temukan di tengah selat Bali ketika masih bayi. Peti yang digunakan
membuang bayi itu hingga sekarang masih tersimpan rapi di rumah Nyai
Ageng Pinatih.
Teringat pada pesan Syekh Maulana Ishak sebelum berangkat ke negeri
Pasai maka Sunan Apel kemudian mengusulkan pada Nyai Ageng Pinatih agar
nama anak itu diganti denagan nama Raden Paku. Nyai Ageng Pinatih
menurut saja apa kata Sunan Ampel, dia percaya penuh kepada Wali besar
yang sangat dihormati masyarakat bahkan juga masih terhitung seorang
Pangeran Majapahit itu